По другом делу манге Нарута, направљен је и аниме, Наруто Шипуден, који прати Нарута као петнаестогодишњака, где се он после две и по године тренирања са Џирајом, враћа у Коноху, спреман за обрачун са групом Акацуки. На почетку има задатак да спаси вођу Сунагакуреа, Казекагеа, и свог пријатеља Гаару. Обрачунава се са члановима групе Акацуки по имену Деидара и Сасори. Након успешног завршетка мисије његов тим Тим Какаши добија нове чланове. Уместо Какашија који је повређен долази АНБУ оперативацYамато, а уместо Саскеа долази такође АНБУ оперативац Сај. Нови тим Какаши добија мисију да врати Саскеа у село Коноха. Тада се први пут после 2 и по година сретне са Саскеом. Након те мисије доази 1. поглавље не издато у манги. Након тога поново се обрачунава са групом Акацуки сада са Хиданом и Какузуом. Наруто тада учи једну од најјачих техника : Фуутон : Расен-Схурикен (Фуутон : Расен-Шурикен). Након тог поглавља, Наруто се обрацунава са Акацукијем у нади да це његово село заробити Санбија (Чудовиша корњача са 3 репа). Али Акацуки добија и Санбија. Након тог поглавља Саске уништава Орочимаруа и оснује свој Тим од 4 члана : Њега,Суигецуа, Карин и Југоа. Тим се зове Хеби. Њихов главни циљ је елиминисање Саскеовог брата Итачија Учихе. Саске налази свог брата и уништава га, али тада се умеша Тоби који се открива као Мадара Учиха. Наговара Саскеа да уђе у групу Акацуки. Он пристаје. Тада његов тим добија име Така. Први задатак био им је да заробе Џинчурикија Хачибија (бика-хоботницу са 8 репова) Килер Бија. Након тешке битке Саскеов тим побеђује, али испоставило се да је то лажњак. Након тога, Така не жели да има посла са Акацукијем. После следи поглавље о Ђжинчурикијем Рокубија (црва са 6 репа), младића по имену Утаката. Све делује као да на крају поглавље има срећан крај али на крају 6 Пеина заробе и овог Џинчурикија, тако да су сада остала само 2 активна Џинчурикија: Наруто и Килер Би.