Чак иако је изашао неко време након манге, аниме Наруто се је убрзо приближио тренутној причи из манге, будући да једна аниме епизода покрива један или два манга поглавља. Да би се спречило њихово поклапање једно с другим, аниме призвођачи теже да организују садржаје из манга поглавља у дуге одломке с‘ не тако пуно догађаја, праћене кратким причама, а каткад би се између додао који филер. У време када је Саскево спашавање, део приче који се је завршио код епизоде 135, серија је била врло близу причи из манге. Завршетком тога дела приче, аниме се одмах пребацио на филере тј. додавали су епизоде које се нисе појављивале у манги. Већина филера су приче саме за себе, а неке од њих се протежу и на неколико епизода.Аниме генерално остаје одан манги, обично мијењајући само мање детаље (узроке смрти, губитке делова тела и остале повреде те рана које су морале да буду цензурисане у анимеу због млађих гладалаца) или повећавање и ширење делова који су били заостављени у манги.