12 година пре дешавања радње у серијалу, Демонска лисица са девет репова (касније названа Кјуби) напада село Конохагакуре. То је био веома моћан демон који је изазивао цунамије и убијао много нинџи које су покушавале да заштите своје село. Изазивао хаос међу сељанима, све док га вођа Конохе, Четврти Хокаге, није запечатио у тек рођеног дечака, жртвојући свој живот. То дете је био управо главни јунак серије, Наруто Узумаки. Сви у селу су славили Четвртог Хокагеа као хероја њиховог села због печаћења Деветорепе Демонске Лисице. Међутим, Четврти Хокаге је највише желео да Нарута поштују као хероја који је заштитио село од ове звери, па је зато забранио да се према њему понашају ружно због звери коју он носи у себи. Међутим, Хокагеово наређење бива одбијено, па је Наруто у већем делу свог детињства био малтретиран од стране деце са Академије.
Трећи Хокаге говори становницима Конохе да Нарута треба да сматрају једнаким себи и да га третирају као свако друго, обично дете. Али ни то није помогло да Наруто буде прихваћен. Наруто одраста без родитеља и пријатеља. Да би привукао пажњу људи он је правио разне шале и глупости. Ускоро Наруто дипломира на Нинџа Академији користећи технику Техника Клона Сенке (јап. Тајū Каге Бунсхин но Јутсу, енг.Мултипле Схадоw Цлоне Тецхниqуе) како би спасао свог учитеља Ируку од одбеглог нинџе Мизукија. То спашавање Наруту отвара поглед на свет. Иако у себи има Кјубија, Наруто схвата да ипак постоји особа која брине о њему, а то је његов учитељ Ирука. Када је коначно дипломирао на Нинџа Академији, Наруто упознаје пуно пријатеља и он себи одређује један циљ у животу: Да постане најбољи нинџа који ће бити поштован и вољен у своме селу.
Овај аниме се може представити као мешавина драме и комедије са пуно акције. Серијал се заснива на Наруту и његовим пријатељима, говори о њиховом одрастању, сукобљавању, заједничкој борби за живот и, наравно, првим љубавима. Први пријатељи Нарута су Учиха Сасуке иХаруно Сакура, двоје тинејџера који су уврштени са Нарутом у тим од три члана под вођством искусног учитеља Хатаке Какашија. Наруто је у току Чунин испита стекао још много пријатеља, који ће му помоћи да оствари свој сан.
Наравно, како то увек бива, сукобљавају се добро и зло. Неколико негативаца долазе до изражаја, као што су то Забуза Момочи и Хаку. Касније се, током Чунин Испита, појављује и један од главних негативаца у И делу: Орочимару. Наруто открива да је он С-ранк нестали нинџа и да је врху листе траћених у Конохи. Касније се појављује мистериозна организација Акацуки којој је главни циљ да ухвате Нарута иДеветорепу Демонску Лисицу која се налази у њему.
Најважнији тренутак у серији је Саскеов одлазак из Конохе. Стално размишљање о свом брату и Нарутово брзо напредовање утицали су на њега да оде да тренира код Орочимаруа како би постао још јачи. Саскеа су на путу чували Орочимаруови помоћници Звучна Четворка који су били веома јаки и представљали су велики проблем за Нарута и његове пријатеље који су имали задатак да врате Саскеа назад у Коноху.Генин тим је морао да се раздвоји када би се борили са неким нинжом. Тако би неко остао да се бори један на један а остали би наставили потеру. Цео тим Генина би вероватно погинуо да им у помоћ нису дошли Гара, Темари и Канкуро. Наруто је био једини који је успео да стигне до Саскеа, али је он одбио да се врати у Коноху, па је Наруто био приморан да се бори са својим пријатељем у веома динамичној борби. У тој борби Наруто губи, јер је Саске био много јачи од њега.
Наруто се враћа у Коноху са мисијом коју није извршио, али он обећава Сакури да ће једног дана вратити Саскеа и да ће све бити као некад.
Наруто и Сакура добијају нове учитеље. Нарута тренира Џираја, а Сакуру тренира Цунаде. Џираја и Цунаде такође имају титулу Легендарних Санина, као и Орочимару. Њих троје су као тинејџери тренирали заједно, а њихов учитељ је био Трећи Хокаге. После три месеца од борбе Нарута и Саскеа (та три месеца представљају неколико епизода, филери), Џираја одводи Нарута далеко од цивилизације како би га тренирао.